Здравствуйте, Максим! Согласно лицензии, AnyLogic и созданные с помощью него модели не могут быть использованы в качестве компонентов сторонних приложений. Т.е., Вы можете обращаться к различным программам из среды AnyLogic, но запуск моделей из сторонних приоложений запрещен лицензионным соглашением.

На самом деле, то, что Вы описываете, можно делать при помощи стандартных возможностей эксперимента. Вы можете сделать эксперимент (Simulation), который будет управлять запуском модели, при запуске загружать значения и т.д.

Павел Лебедев, George спасибо за ответы.