Да, такая возможность существует. Формально, целевая функция одна. Но Вы можете ее сделать составной (например, состоящую из нескольких слагаемых с различными весовыми коэффициентами). Оптимизция будет происходить для этой функции, одновременно подбирая оптимальные значения для ее составных частей. В данный момент с помощью графического редактора невозможно в качестве изменяемый параметр задать массив. Но в AnyLogic Professional будет добавлена возможность создания эксперимента кодом и открыт программный доступ к OptQuest. Таким образом, появится возможность задавать массив в качестве параметра оптимизации.